儀器設備
高效能液相層析儀(High Performance Liquid Chromatography)
生物處理實驗室
藉由搭配不同管柱測定液相中污染物質的濃度，本實驗室藉此瞭解樣品中PAHs以及中間產物濃度的消長情形。
變性梯度凝膠電泳(Denature Gradient Gel Electrophoresis；DGGE)
生物處理實驗室
利用電泳過程中加上變性程度的梯度使差異性加大，藉此結果搭配定序即可得知樣品中族群之組成。
紫外光可見光光譜儀(Spectrophotometers)
生物處理實驗室
利用紫外光以及可見光光譜針對不同物質的吸光度進行測定。實驗室常應用於觀測菌液中菌數總量或針對酵素活性進行測定。
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高效能液相層析儀(High Performance Liquid Chromatography (HPLC) L-4200 UV-Vis detector)
公共精密儀器室主要設備;儀器室（一）
高效液相層析技術為分析技術中應用最廣泛的一種層析法。主要由不同物質，在兩個不相容的媒介之間的平衡分佈差異而造成的產生分離效果。可有效且精準的分析物質成分、含量與純化物質。
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原子吸收光譜儀(Perkin Elmer AA600)
公共精密儀器室主要設備; 儀器室(一）
利用通過石墨爐的電流大小來控制加熱溫度的高低，使樣品進行乾燥、灰化、原子化溫度等步驟，最後藉由測量氣態原子在特定波長光線的吸光度，求出各元素的濃度。其偵測濃度約在ppb範圍。
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總有機碳分析儀(Model 700 TOC analyzer)
公共精密儀器室主要設備;儀器室（一）
本儀器可準確分析液態樣品中總碳、總無機碳以及總有機碳的含量。本實驗室常應用於測定生物反應槽中碳源利用率以及礦化率的趨勢。
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火焰式原子吸收光譜儀(Flame Atomic Absorption Spectrometer(FAAS), PerkinElmer AA100)
公共精密儀器室主要設備;儀器室（二）
火焰式原子吸收光譜儀主要作為重金屬分析，水樣經消化分解後，直接吸入火焰式原子吸收光譜儀，測定其中待測元素之濃度。其偵測濃度約在ppm範圍。
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氣相層析質譜儀(Gas chromatography/Mass spectrum(GC/MS))
公共精密儀器室主要設備;儀器室（三）
揮發性且熱安定性化合物或混合物之氣相層析分離及質譜檢測，可用來分析已知的有機物檢測濃度及有機物的種類。