大二上學期微生物實驗課與大二下學期的環境微生物實驗課，主要是配合微生物學與環境微生物學兩門課所進行的實驗課程。微生物實驗課分為星期二與星期四下午1:10 - 4:00；環境微生物為星期二下午1:10 - 4:00。每次9組，每組2-3個人，除了實驗課外，隔天或其他時間常會因實驗需求額外來觀察實驗結果。另外每組的學生輪流擔任值日組，負責實驗課前的配藥，可讓學生學習培養基的配製。

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「微生物實驗」的實驗內容包括：
1.顯微鏡的使用2.菌體大小之測量3.菌體之直接計數4.藍綠藻與藻類之觀察5.原生動物之觀察6.革蘭氏染色7.細菌之分離(劃碟法與倒碟法)8.平板計數法9.厭氧培養10.環境對微生物的影響：溫度11.多管發酵法測大腸菌12.濾膜法測大腸菌13.IMVIC試驗14.黴菌的形態和培養15.從污水中分離噬菌體16.微生物的胞外酵素活性17.抽取質體。

學生修習微生物實驗是希望他們可以從實驗中學習顯微鏡的使用方法,及用顯微鏡觀察微生物的形態,大小,數目。並且學習微生物的培養、分離、染色、計數等技術。另外針對與環境相關的環境指標性微生物-大腸桿菌設計一系列的測定與生理特性實驗，使學生更加瞭解此菌的特性。這幾年分子生物在環工的應用日趨重要，所以增加質體抽取的實驗，讓學生對於分子生物學有更進一步的瞭解。

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「環境微生物實驗」的內容包括：
1.台灣常見的淡水生植物性浮游生物2.活性污泥之顯微鏡觀察3.以生物方法測定水中優養化作用的限制因子4.放射菌之分離與計數5.碳氫化合物氧化細菌之分離6.纖維素分解菌之分離7.紫色不含硫光合作用細菌之分離與計數8.硫酸鹽還原菌之分離與計數10.Enterobacteriaceae之快速鑑定法11.細菌的鑑定12.以螢光顯微鏡測水中之總菌數13.細菌生長速率的測定14.乳酸菌的培養與觀察。

環境微生物實驗是配合環境微生物課程，一方面是希望學生從課堂上了解微生物與環境的關係,各種與環境有關的微生物種類及特性，強調微生物的好氧性代謝、厭氧性代謝及代謝反應的調節與環境中污染物分解之關係；一方面從實驗中學習分離、鑑定各種不同種類的環境微生物。使學生能夠具備瞭解各種環境微生物的特性，並且具有分離、鑑定各種環境微生物的能力。由於各環境微生物的差異性很大，所以學生更可學習到培養不同微生物的能力，例如好氧菌與厭氧菌的培養方法。另外細菌生長速率的測定除可讓學生學習不同條件下影響細菌的生長速率，並可實際觀察微生物生長曲線的變化，從而計算出微生物的生長速率。實驗中另外介紹以螢光顯微鏡測定水中總菌數的方法。