本系研究發展特色主要著重環境工程、環境科學以及永續發展的環境管理和規劃，系上教師皆具有環境相關博士學位，研究領域大致分成以下七大類。由於環境問題複雜，各研究領域互有關聯，每位教師的專業涵蓋二至三項，詳細的資料如下：
水及廢水處理
李季眉、盧至人、洪俊雄、張書奇（生物處理）；謝永旭、盧重興、梁振儒（物理化學處理）
空氣污染防治與控制
鄭曼婷、莊秉潔、望熙榮、盧重興、魏銘彥
廢棄物處理
魏銘彥、廖文彬、謝永旭
環境毒理與工業衛生
林伯雄、張書奇
環境分析與檢測
陳秀卿、林伯雄、鄭曼婷、梁振儒
環境規劃與管理
林明德、望熙榮、謝永旭
土壤及地下水污染
盧至人、廖文彬、林明德、梁振儒、張書奇
課程設計特色注重理論與實驗，實驗課程有微生物實驗、水質分析實驗、儀器分析實驗、空氣污染控制工程實驗及環工單元操作實驗等，環工領域多元化，故本系實驗課程安排兼顧了各個領域。
近年來台灣地區因工商業的發展，造成環境污染急遽惡化，現有環保人力不足以徹底改善環境，因此培育高等環境工程人才至為重要。本系從事培育訓練環境保護及污染防治之基本人才，歷年來除了重視污染防治工程的教學與研究之外，同時更加強微生物學及化學的應用科學研究，以便使工程與科學相互為用。在教學及研究發展上除了顧及傳統性環境工程外，更將著重與其他科系的合作。本系畢業生多能留在國內服務於各層環境保護機關及工程顧問公司，實際參與環境保護工作，協助政府推行環境保護政策，共同為台灣環保而努力。
注重生態保育及工程實務
注重理論傳授及實習操作
完整學士、碩士、博士學程
基本理論基礎及工程應用並重
注重工程效益評估
強調工程的極限及配合自然的運行